Wikinews

Plik:Coronavirus. SARS-CoV-2.png

Rozmiar pierwotny ‎(2048 × 2048 pikseli, rozmiar pliku: 4,54 MB, typ MIME: image/png)

Ten plik znajduje się w Wikimedia Commons i może być używany w innych projektach. Poniżej znajdują się informacje ze strony opisu tego pliku.

Opis

Opis
Deutsch: Wissenschaftlich genaues Atommodell der äußeren Struktur des SARS Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), einem Stamm (genetische Variante) des Coronavirus, der die Coronavirus-Krankheit (COVID-19) verursachte und erstmals im Dezember 2019 in Wuhan, China, identifiziert wurde.

Jeder einzelne Ort (amorpher Fleck) ist ein Atom von:

 
kobalt: Virushülle
 
purpurrot: Hüllproteine
 
grün: Matrixproteine
 
orange: Glucose (Glycane)
 
türkis: Spike-Proteine
English: Scientifically accurate atomic model of the external structure of the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), a strain (genetic variant) of the coronavirus that caused coronavirus disease (COVID-19), first identified in Wuhan, China, during December 2019

Each separate locus (amorphous blob) is a molecule of:

 
cobalt: membrane
 
crimson: E protein
 
green: M protein
 
orange: glucose (glycan)
 
turquoise : S (spike) glycoprotein
Español: Modelo atómico de la estructura externa del SARS-CoV-2. Cada "bola" es un átomo.
Leyenda:
 
azul cobalto — membrana
 
turquesa — glicoproteína de pico (S)
 
carmesí — proteína E
 
verde — proteína M
 
naranja — glucosa
Русский: Научно достоверная атомарная модель внешней структуры коронавируса (SARS-CoV-2). Каждый "шарик" — атом. Опубликовано на N+1.

Научный консультант:
Никитин Н. А. (доктор биологических наук, специалист в области вирусологии)
Борисевич С.С. к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков, руководитель группы «Кванты и Динамика», (с.н.с. лаборатория химической физики УфИХ РАН)
Архипова В.И. (специалитет по направлению фундаментальная и прикладная химия. Лаборатория химии РНК, Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук).

  • В работе были использованы следующие структуры из открытых источников:

Protein Data Bank: 2mls, 6y3y, 5x29, 6yyt Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

  • Цветовое обозначение:
 
кобальт — мембрана.
 
бирюза — S-белок.
 
малиновый — E-белок.
 
зелёный — M-белок.
 
оранжевый — гликаны.
Проект был сделан в соответствии с научными источниками:
  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles. // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12. // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody. // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy. // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development. // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17.
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M. // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336.
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle. // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27.
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22.
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion. // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104.
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738.
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane. // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487.

Первичные источники:


Производные моделей протеинов созданы на базе моделей со свободной лицензией (freely available for both non-commercial and commercial use).
Українська: Атомарна модель зовнішньої структури коронавірусу SARS-CoV-2. Кожен «кулька» — атом.
Data
Źródło

Praca własna. Scientific consultants:

Nikitin N.A., Doctor of Biological Sciences, Department of Virology, Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University.
Borisevich S.S. Candidate of Chemical Sciences, Specialist in Molecular Modeling of Viral Surface Proteins, Senior Researcher, Head of the "Quantum & Dynamics»,Laboratory of Chemical Physics, Ufa Institute of Chemistry RAS
Arkhipova V.I., specialization in Fundamental and Applied chemistry, senior engineer, RNA Chemistry Laboratory, Institute of chemical biology and fundamental medicine SB RAS
Autor Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Сonsultant)
Licencja
(Ponowne użycie tego pliku)

Published by N+1 a popular science online publication of Russia (https://nplus1.ru/), protein models are derivative works of the

free license site (freely available for both non-commercial and commercial use)
Inne wersje
  • animation
  • Conditional motion SARV-CoV-2 (animation)

Sources

Primary sources:

The following structures from open sources were used in the work, Protein Data Bank (https://www.rcsb.org):

Additional sources:

  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12 // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33324574/)
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336. (https://europepmc.org/article/MED/16474139)
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7112365/, https://europepmc.org/article/PMC/1563832)
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4486061/)
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104 (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7695975, https://search.bvsalud.org/global-literature-on-novel-coronavirus-2019-ncov/resource/en/covidwho-947143)
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420311594)
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487 (https://www.researchgate.net/publication/349986293_Structure_Dynamics_Receptor_Binding_and_Antibody_Binding_of_the_Fully_Glycosylated_Full-Length_SARS-CoV-2_Spike_Protein_in_a_Viral_Membrane)

Licencja

Ja, właściciel praw autorskich do tego dzieła, udostępniam je na poniższej licencji
w:pl:Licencje Creative Commons
uznanie autorstwa na tych samych warunkach
Ten plik udostępniony jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Międzynarodowe.
Wolno:
  • dzielić się – kopiować, rozpowszechniać, odtwarzać i wykonywać utwór
  • modyfikować – tworzyć utwory zależne
Na następujących warunkach:
  • uznanie autorstwa – musisz określić autorstwo utworu, podać link do licencji, a także wskazać czy utwór został zmieniony. Możesz to zrobić w każdy rozsądny sposób, o ile nie będzie to sugerować, że licencjodawca popiera Ciebie lub Twoje użycie utworu.
  • na tych samych warunkach – Jeśli zmienia się lub przekształca niniejszy utwór, lub tworzy inny na jego podstawie, można rozpowszechniać powstały w ten sposób nowy utwór tylko na podstawie tej samej lub podobnej licencji.

Wyróżnienia

Obraz of the year
Obraz of the year
Obraz dnia
Obraz dnia
Featured obraz
Quality ilustracja
Quality ilustracja
Wartościowa ilustracja
Wartościowa ilustracja

Wikimedia Commons

Ta grafika była finalistą w konkursie na grafikę roku 2021.
Ten plik został wybrany grafiką na dziś na dzień 8 sierpnia 2021 roku.
To jest wyróżniona grafika w Wikimedia Commons (Ilustracja na medal) i jest uznana za jedną z najlepszych.
Ta grafika została oceniona według odpowiednich kryteriów i jest uważana za grafikę wysokiej jakości.
Ta grafika została oceniona według odpowiednich kryteriów i jest uważana za wartościową grafikę.

Jeśli posiadasz plik graficzny o podobnej jakości, który może zostać opublikowany na odpowiedniej licencji, prześlij go, oznacz licencję i nominuj.

Podpisy

Dodaj jednolinijkowe objaśnienie tego, co ten plik pokazuje
Model of the coronavirus.

Obiekty przedstawione na tym zdjęciu

przedstawia

SARS-CoV-2

typ MIME

image/png

suma kontrolna

eb4db5448ad22fc4c229437fae4692de527c749d

metoda określenia: SHA-1

ilość danych

4 765 767 bajt

wysokość

2048 piksel

szerokość

2048 piksel

Historia pliku

Kliknij na datę/czas, aby zobaczyć, jak plik wyglądał w tym czasie.

Data i czasMiniaturaWymiaryUżytkownikOpis
aktualny00:17, 10 sty 2022Miniatura wersji z 00:17, 10 sty 20222048 × 2048 (4,54 MB)Jul059Lossless file size reduction
05:58, 24 wrz 2021Miniatura wersji z 05:58, 24 wrz 20212048 × 2048 (4,6 MB)Iketsilossless compression
18:06, 15 cze 2021Miniatura wersji z 18:06, 15 cze 20212048 × 2048 (5,34 MB)AlexeySolodovnikovfix color bug
16:28, 13 cze 2021Miniatura wersji z 16:28, 13 cze 20212048 × 2048 (5,34 MB)AlexeySolodovnikovМы обновили модель. В роли нашего научного консультанта выступил доктор биологических наук, специалист в области вирусологии, Никитин Н. А. и к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков Борисевич С.С. Под их руководством в модель были внесены следующие правки: Изменено количество S-белков с 90 до 38, количество M-белков было увеличено до 1000, а E-белков, как минорных компонентов мембраны, снижено до 15, HE-белок удалён. Также была принята во внимание шарни...
13:06, 17 maj 2021Miniatura wersji z 13:06, 17 maj 20212048 × 2048 (16,04 MB)AlexeySolodovnikovadd alpha
20:41, 4 maj 2021Miniatura wersji z 20:41, 4 maj 20212048 × 2048 (16,04 MB)AlexeySolodovnikovUploaded own work with UploadWizard

Globalne wykorzystanie pliku

Ten plik jest wykorzystywany także w innych projektach wiki:

Pokaż listę globalnego wykorzystania tego pliku.

Źródło: „https://pl.wikinews.org/wiki/Plik:Coronavirus._SARS-CoV-2.png”